業務改善助成金で業務システムは作れるか：対象になる経費・条件・申請の流れ（令和8年度の交付要領で確認）

業務を楽にするシステムを作りたい。でも、数百万円の開発費をすぐには出せない。そんなときに名前が挙がるのが補助金や助成金です。中でも「業務改善助成金」は、検索される回数が多い制度の一つです。

この記事は、業務システムの導入や作り直しを考えている中小企業の経営者や、システムの担当者に向けて書いています。次のことを順にまとめます。

• 業務改善助成金とは、どんな制度か
• 対象になる会社と、助成される金額
• 業務システムの費用は、どこまで対象になるか
• 申請から入金までの流れと、令和8年度の日程
• 業務システムで使うときに難しくなる3つの点
• 来年度に向けて、今から準備できること
• ほかの制度（デジタル化・AI導入補助金）との違い

事実は、厚生労働省の業務改善助成金のページで公開されている令和8年度の交付要綱・交付要領・Q&A（令和8年9月8日更新）で確かめています。制度は年度ごとに変わるため、2026年11月11日時点の内容です。申請するときは、必ずその年度の資料と、管轄の労働局で確かめてください。

業務改善助成金とは

業務改善助成金は、中小企業が社内で一番低い時給を引き上げ、あわせて生産性を上げる設備投資などをしたときに、その設備投資などの費用の一部を国が助成する制度です。目的は、最低賃金の引き上げに向けて、中小企業が賃金を上げられる環境を整えることにあります（交付要綱 第3条）。

ここでいう「社内で一番低い時給」を、制度では「事業場内最低賃金」と呼びます。雇い入れてから6か月がたった、雇用保険に入っている労働者のうち、事業場で一番低い時間あたりの賃金です（交付要綱 第4条、交付要領 第2の2）。

ポイントは、賃上げと設備投資がセットだという点です。設備投資だけでは申請できません。また、どちらも「これから行うもの」が対象で、すでに買った設備や、すでに上げた賃金は対象になりません。

令和8年度は、4月22日に交付要綱・交付要領が公開され、9月1日に申請の受付が始まりました。

対象になる会社

中小企業であること

対象は、日本国内に事業場がある中小企業事業者です。業種ごとに、資本金か従業員数のどちらかが次の範囲に入れば中小企業事業者になります（交付要綱 第2条）。

ただし、大企業が株式の半分以上を持っている会社や、直近3年の課税所得の年平均が15億円を超える会社などは、中小企業事業者から除かれます。

社内で一番低い時給が、決められた範囲にあること

令和8年度の交付要綱の別表第1では、対象の事業場を「令和7年度の地域別最低賃金以上、令和8年度の地域別最低賃金未満」としています。Q&Aでは、次の2つの場合は申請できないとしています。

• 申請の時点で、事業場内最低賃金が改定後の地域別最低賃金以上になっている（問3）
• 申請の時点で、その時点の地域別最低賃金を下回っている（問6）

つまり、これから最低賃金の改定に合わせて時給を上げる必要がある事業場が対象です。すでに十分高い時給を払っている会社は、この制度の対象から外れます。また、労働者の賃金を引き上げるための制度なので、従業員がいない会社は対象になりません（厚生労働省の案内ページ）。

対象にならない場合

次のような場合は、助成を受けられません（交付要綱 第4条第4項）。

• 申請の前後の一定期間に、労働者を解雇したり、退職を勧めたりした
• 時給を引き下げた、所定労働時間を減らして月給を下げた
• 同じ経費に、国や地方公共団体の補助金などを受けている
• 申請の前後の一定期間に、労働関係の法令に違反していることが明らかになった

3つ目は、ほかの補助金と組み合わせて使おうとするときに大事になります。後の「ほかの制度との違い」で触れます。

助成される金額

コースと上限額

助成される金額は、「助成対象の経費 × 助成率」と「コースごとの上限額」の、低い方です（交付要綱 第4条第2項）。上限額は、事業場内最低賃金を何円引き上げるか（コース）と、賃金を引き上げる労働者の人数で決まります。

出典：令和8年度 交付要綱 別表第1。（ ）内は、事業場の規模が30人未満の事業者だけに適用される上限額です。

助成率

助成率は、引き上げる前の事業場内最低賃金で変わります（交付要綱 別表第1）。

• 事業場内最低賃金が1,050円未満：4/5
• 事業場内最低賃金が1,050円以上：3/4

たとえば、助成率3/4で、システムの委託費が400万円（税抜）、上限額が230万円の場合、「400万円 × 3/4 ＝ 300万円」と「230万円」の低い方なので、助成額は230万円です。残りの170万円は自社の負担になります。

特例事業者は上限が上がる

次のどちらかに当てはまる「特例事業者」が、10人以上の賃金を引き上げる場合は、上限額が50円コースで130万円、70円コースで300万円、90円コースで600万円になります（交付要綱 別表第2、交付要領 別紙2）。

• 賃金要件：事業場内最低賃金が1,050円未満
• 物価高騰等要件：原材料費の高騰など外的な要因で、最近6か月の平均の売上高総利益率か売上高営業利益率が、前年同期より3ポイント以上下がっている

そのほかの決まり

• 助成対象の経費は、10万円以上が必要です（交付要綱 第4条第2項）。
• 同じ事業主が複数の事業場で申請する場合、1年度あたりの申請額の上限は600万円です（交付要領 第2の6）。
• 同じ事業場の申請は、1年度に1回までです。

業務システムの費用は、どこまで対象になるか

対象になる経費の区分

助成の対象になる経費は、「生産性向上・労働能率の増進に資する設備投資等」です。交付要領の別紙3は、次の区分を挙げています。

このほかに、旅費、借損料、印刷製本費、原材料費、造作費があります。業務システムに関係が深いのは、委託費です。システム開発会社に業務システムの開発を委託する費用は、この区分に当たり得ます。

ライセンスと保守の費用

業務ソフトのライセンスや、システムの保守の費用はどうか。交付要領の別紙3の注6とQ&Aの問38では、リース・ローン契約、ライセンス契約、保守契約などの経費は、助成を受ける年度に支払うものに限り対象とし、複数年分をその年度に支払った場合は3年分までとしています。

受発注・決済ができるホームページ

Q&Aの問36では、ホームページの作成・改修について、受発注と決済の両方ができるものや、顧客からの注文をホームページで受ける機能を付けるものは対象になるとしています。会社案内のホームページは対象外でも、電話やFAXで受けていた注文をWebで受ける仕組みは対象になり得る、ということです。

対象にならないもの

一方で、次のものは対象外です（交付要領 別紙3 注7、Q&A 問25・問29）。

• 単なる経費の削減を目的としたもの
• 通常の事業活動に伴う経費（事務所の家賃、通信費、汎用の事務機器、消耗品など）
• 広告宣伝費・販売促進費（ランディングページの作成、マーケティングツールの利用など）
• 交付決定の前に発生した費用
• 自社で施工・製造するもの（原材料費だけを事業費とする場合を除く）

5つ目は、社内にエンジニアがいる会社で注意が必要です。自社のエンジニアが作るシステムの人件費は、助成の対象になりません。

パソコンとタブレット

パソコン、タブレット、スマートフォンとその周辺機器は、原則として対象外です。ただし、POSシステムや会計給与システムなど、特定の業務専用のシステムを動かすために導入することが明らかな場合は対象になる場合があります（交付要領 別紙3 注3）。また、物価高騰等要件に当てはまる特例事業者は、パソコンなどの新規購入が対象になる場合があります。既存のパソコンの入れ替えは対象外です（Q&A 問24）。

最後に決めるのは労働局

ここまでの区分に当てはまっても、生産性の向上や労働能率の増進が認められないと所轄の労働局長が判断したものは対象外です（交付要領 別紙3 注7）。「システムを作れば必ず対象になる」わけではありません。そのシステムで、どの作業の時間がどれだけ減るのかを、申請の計画で説明できることが前提になります。

厚生労働省の事例集に載っている、システムを入れた例

厚生労働省は、助成金を使って生産性を上げた事例を「生産性向上のヒント集」（令和6年3月作成）にまとめています。業務改善助成金の事例（令和4年度分）の中にも、システムやアプリを入れた例があります。

予約サイトの例は、90円コースで4人の時給を830円から920円に引き上げています。どの例も、「どの作業が、どれだけ減ったか」がはっきりしています。申請の計画でも、この形で効果を書けるかどうかが大事です。なお、この冊子は令和4年度分の事例で、当時と今では助成額や条件が違います。

申請から入金までの流れ

業務改善助成金は、先に計画を出して交付の決定を受け、その後に設備投資と賃上げを行い、最後に実績を報告して助成金を受け取る流れです。

1. 交付申請：賃金引き上げの計画と、設備投資の計画を出す。10万円以上の契約は、原則として2社以上の見積書を付ける（Q&A 問52）。
2. 交付決定：労働局が審査し、交付を決定する。
3. 契約・発注・納品・支払い：交付決定の後に行う。交付決定の前に契約や納品をすると、助成を受けられない（Q&A 問27）。
4. 賃金の引き上げ：交付申請の後に、就業規則などで引き上げた事業場内最低賃金を定める。2回に分けて上げることはできない。引き上げた賃金は、原則として実績報告書を出す日までに支払う（交付要領 第2の7）。
5. 事業の完了：納品日、支払いの完了日、賃金を引き上げた日のうち、一番遅い日。交付決定の年度の1月31日までに終える。やむを得ない理由があり労働局が認めた場合は、3月31日まで（Q&A 問40）。
6. 実績報告と支払い：実績を報告し、助成金を受け取る。概算払い（前払い）はない（Q&A 問66）。

令和8年度の日程

申請の期限は、都道府県の地域別最低賃金の発効日で変わります。厚生労働省は、都道府県によっては9月末が申請期限になると案内していました。2026年11月11日時点では、多くの地域で令和8年度の受付は終わっています。この記事の内容は、来年度に向けた準備として読んでください。

支払いの方法と、受け取った後の決まり

助成金を受け取って終わりではありません。Q&Aには、支払いの方法と、受け取った後に守ることも書かれています。

• 支払いは原則として振込です。クレジットカードなどで払う場合は、原則1月31日までに口座から引き落とされていないと対象外になります（問60）。年末に契約してカードで払うと、引き落としが2月になり対象外になる、ということが起こり得ます。
• 関連のない複数の設備投資でも、それぞれが生産性の向上につながるなら、合計の額で申請でき、コースの上限額まで助成を受けられます（問28）。業務システムの委託と、別の機器の購入を一つの申請にまとめることもできます。
• 賃金を引き上げた後、決められた期間に解雇や賃金の引き下げがないかを確かめる「状況報告」を、賃金台帳の写しを付けて出します（問61）。
• 助成金で取得した設備などを、決められた期間（処分制限期間）の中で、目的外に使ったり、譲ったり、貸したり、取り壊したりする「財産処分」には、事前に労働局長の承認が要ります。承認を得ずに処分すると、交付決定の取り消しや、加算金を含めた返還になる場合があります（問62・問63）。

業務システムの場合、作ったシステムを別の会社に譲ったり、使わなくなって止めたりするときに、財産処分に当たるかどうかを確かめる必要があります。処分制限期間は厚生労働省の告示で決まっていて、毎年改正される可能性があるので、そのときの告示で確かめてください。

業務システムで使うときに難しくなる3つの点

ここからは、制度の資料を読んだうえで、業務システムの開発に当てはめたときに気をつけたい点です。クリーヴァは業務システムの開発と保守をしている会社なので、作る側から見た注意点として書きます。

1. 開発に使える期間が短い

契約は交付決定の後で、納品と支払いは原則1月31日までです。申請が9月から11月で、審査に時間がかかることを考えると、実際に開発に使える期間は数か月になります。

ゼロから大きな業務システムを作る計画は、この期間に収まりません。助成金を使うなら、作る範囲を絞る必要があります。たとえば次のような進め方です。

• 一番手間がかかっている1つの業務（受注の入力、在庫の確認など）だけを、最初に作る
• 既製の業務ソフトを入れ、足りないところだけを作り足す
• すでにある仕組みに、注文を受け付ける画面など、1つの機能を足す

2. 2社に同じ条件で見積もってもらう必要がある

10万円以上の契約は、原則として同じ条件の仕様で、2社以上の見積書が必要です。交付決定を受けたら、一番安い金額を出した会社と契約しなければなりません（Q&A 問52）。自社の関連会社や、代表者の親族が作った見積書は認められません。

業務システムの見積もりは、仕様の書き方で金額が大きく変わります。「受発注のシステムを作ってほしい」だけでは、会社ごとに作る範囲が違い、同じ条件の比較になりません。何を作るかを、2社に同じ文書で渡せる形にしておくことが、申請の前提になります。

一方で、仕様をまとめる作業そのものを開発会社に委託すると、その費用は交付決定の前に発生するので対象外です。申請の前の整理は、社内で進めるか、助成の対象としないことを前提に依頼することになります。

3. 支払いが先、助成金は後

概算払いはないので、開発会社への支払いは自社で先に済ませ、実績報告の後に助成金を受け取ります。数百万円の支払いを一度立て替えられるかを、先に確かめておく必要があります。

計算の例（架空の会社）

金額の感覚をつかむために、架空の会社で計算してみます。数字は令和8年度の表に当てはめたもので、実際の申請では労働局の審査で変わります。

• 従業員15人の卸売業。電話とFAXで受けた注文を、事務の担当者が Excel に打ち直している。
• 事業場内最低賃金は1,080円で、地域別最低賃金の改定に合わせて、6人の時給を70円上げる予定。
• 取引先が Web で注文できる受発注の画面を、開発会社に委託して作る。見積もりは2社から取り、安い方が300万円（税抜）。

この場合、70円コースで引き上げ労働者数は6人なので、上限額は180万円です。事業場内最低賃金が1,050円以上なので、助成率は3/4。「300万円 × 3/4 ＝ 225万円」と「180万円」の低い方で、助成額は180万円、自社の負担は120万円になります。もし8人の時給を上げるなら上限額は230万円になり、助成額は225万円まで増えます。

申請の前に、開発会社に確かめること

業務改善助成金を使う前提で開発会社に相談するときは、次の5つを先に確かめておくと、後で困りません。

1. 交付決定の後に契約し、1月31日までに納品できる範囲か
2. 2社目の見積もりと比べられるよう、仕様の文書を共有してよいか
3. 支払いを振込で、1月31日までに完了できる請求の時期か
4. ライセンスや保守の費用が、初期の開発費と分けて書かれているか
5. 交付が決まらなかった場合に、計画をどうするか

来年度に向けて、今から準備できること

令和9年度の業務改善助成金の内容は、まだ公表されていません。令和8年度と同じ流れなら、春に交付要綱が公開され、秋に申請という日程になります。それまでに、次の3つを進めておくと、申請の時期に慌てずに済みます。

1. どの業務を、どこまでシステムにするかを決める

まず、業務を書き出し、どの作業に誰の時間がどれだけかかっているかを整理します。そのうえで、一番効果が大きく、数か月で作れる範囲を選びます。業務の流れの整理の仕方は「業務の流れを図にする」に、開発会社に頼む前に社内でまとめることは「要件定義とは」にまとめています。

2. 2社に渡せる仕様の文書を作る

画面、扱うデータ、誰が何をできるか、既存の仕組みとのつなぎ方を、文書にしておきます。見積もりの金額が何で決まるかは「業務システムの改修の費用は何で決まるか」を参考にしてください。

3. 賃上げの計画と、資金の計画を立てる

業務改善助成金は、賃上げとセットの制度です。最低賃金の改定の見込みと、自社の時給の水準を比べ、どのコースに当てはまりそうかを見ておきます。あわせて、開発費を先に払える資金の計画も立てておきます。

ほかの制度との違い：デジタル化・AI導入補助金

業務のシステム化に使える国の制度には、「デジタル化・AI導入補助金」（旧：IT導入補助金）もあります。

デジタル化・AI導入補助金の公式サイトの制度概要では、対象の ITツール（ソフトウェア、サービスなど）は事前に事務局の審査を受けて登録されたもので、申請は登録された IT導入支援事業者と一緒に行うと説明しています。交付申請の最終締め切りは、10月30日のお知らせで1月7日（木）17時とされています。

どちらを使うかは、作るものと自社の状況で変わります。

• 登録済みの業務ソフトを入れるなら、デジタル化・AI導入補助金が候補になります。
• 自社の業務に合わせて作る、かつ賃上げの予定があるなら、業務改善助成金が候補になります。

なお、同じ経費に両方を受けることはできません（交付要綱 第4条第4項）。Q&Aの問47では、助成対象が同じ設備投資の費用でなければほかの助成金も受けられるが、目的が重なる場合は調整の対象になるとしています。

おわりに

業務改善助成金は、令和8年度の資料を読む限り、システム開発会社への委託費も対象の区分に入っています。ただ、賃上げとセットであること、交付決定の後に契約すること、原則1月31日までに終えること、2社の見積もりで一番安い会社と契約することなど、条件ははっきりしています。

大事なのは、助成金ありきで作るものを決めないことです。まず、どの業務のどの作業を減らしたいのかを決め、そのうえで、助成金の期間と条件に収まる範囲を選ぶ。この順番なら、助成金が使えなかった場合でも、整理した内容はそのまま次の一歩に使えます。

業務の整理から、作る範囲の決め方、仕様の文書づくりまで、クリーヴァでも相談を受けています。助成金を使うかどうかを決める前の段階でも、お気軽にご相談ください。